En la temporada 1992-1993 vuelve a quedar cuarto en la fase regular pero esta vez es superado en la promoción por el Real Murcia, disputando también el ascenso con el Baracaldo C. F. y el Granada C.F. La temporada 1994-95 es la primera del Getafe C. F. en la Segunda División y sufre el cambio de categoría obteniendo un decimoctavo puesto con sólo 5 victorias y hasta 20 empates.