En su condición de campeón del fútbol colombiano, el Unión Magdalena integró el Grupo 1 de la Copa Libertadores 1969 junto al Deportivo Cali y los clubes venezolanos Deportivo Italia y Deportivo Canarias. Unión Magdalena su primer y hasta el momento único título en el Fútbol Profesional Colombiano. Con los resultados que llevaron al equipo a la parte media de la tabla, en el Torneo Finalización, el técnico fue cambiado y llegó Antonio Julio de La Hoz, que dejó al Unión en la casilla 10 con 23 unidades.