La maquinita tuvo problemas en el Ascenso MX, debido a su baja puntuación pudo desaparecer en la temporada de 2012-2013, sin embargo salvó la categoría y descendió al equipo de Pumas Morelos, con esto logró su permanencia en el Ascenso MX. Este equipo filial comenzó a participar en el torneo Apertura 2006 en la Segunda División Zona Bajío, tienda bayern munich bajo el nombre de Cruz Azul Hidalgo. Sin embargo, el Cruz Azul Dublán de la Tercera División cambió su nombre a Cruz Azul Jasso, por lo que el club siguió existiendo pero ahora en la Tercera División, donde solo duró una temporada para después convertirse en Cruz Azul Premier para que participara de nueva cuenta en la Segunda División.
